Rehoľa menších bratov ( ORDO FRATRUM MINORUM ) – františkánov sa usadila v Nitre na predmestí už v r.1230, teda štyri roky po smrti ich zakladateľa, sv. Františka z Assisi. Vtedy nitriansky biskup Jakub posvätil kostol a odovzdal ho bratom do užívania. Kostol Blahoslavenej Panny Márie a kláštor stál na Andrašku (približné miesto na dnešnej Mariánskej ul. na Párovciach). Zničený bol požiarom a následne obnovený, avšak v r. 1441 ho z neznámych príčin zbúrali vojská Jána Forgácha, pána blízkeho hradu Gýmeš. Na tom istom mieste rehoľníci za pomoci ostrihomského arcibiskupa a župnej podpory znovu postavili kostol s kláštorom. V r. 1552 ho takmer zničili Turci a neskôr pohromu dokončili vzbúrenecké vojská Zápoľského. Pre nepokojné časy františkáni odišli do Bratislavy a nechali kláštor aj s kostolom v ruinách.
Druhýkrát priviedol františkánov do Nitry biskup Ján Telegdy v r. 1624. Už v r. 1630 bola definitívne ukončená výstavba kostola a kláštora v Hornom meste pod hradom. Pôvodne renesančný kostol zasvätili sv. Petrovi a Pavlovi. Na bočnej stene kostola je osadená pamätná tabuľa z príležitosti jeho posviacky, najskôr bola maďarská, od r. 1942 je slovenská. V čase výstavby, ako všetky kostoly žobravých rádov v tom období, nemal vežu. V r.1732 bola ku kostolu pristavaná veža s vlašskou čiapkou a ukončená dvojkrížom. V r. 1943 župan Štefan Haššík zrealizoval bočné prechody cez vežu. V rokoch 1664 – 66 dal nitriansky biskup Juraj Selepčéni pristavať 4 kaplnky zo západnej strany kostola. Neskôr nad ne postavili oratórium so samostatným točitým schodiskom vedúcim ku kaplnke sv. Jozefa, až od r.1938 je oratórium prepojené s chórom oceľovými schodmi. V r. 1724 bol prikúpený pozemok na prístavbu kláštora, ktorá bola neskôr zrealizovaná.
Kostol v priebehu dejín trikrát vyhorel. V r.1663-64 sa premenil na modlitebňu, ktorá niesla meno sultánovej matky. Po rozdelení spoločnej mestskej farnosti na Dolné a Horné mesto sa 10.júna 1787 františkánsky chrám stal farským chrámom. Farnosť sa rozprestierala od Mostnej ulice, Vikárskej ulice, zaberá celý hradný komplex a priľahlé časti ako Chrenová, Zobor a Šindolku. V minulosti patrili k farnosti aj Drážovce (do 31.12.1787), Hrnčiarovce ( do r.1807), Chrenová (do 1.7.1998), Malé Janíkovce a majere Selenec a Mikov dvor.

V súčasnosti hranice kedysi najväčšej farnosti na území mesta Nitra, Farnosti Nitra – Horné Mesto tvoria tieto ulice:

     Napervilská ulica, Wilsonovo nábrežie, Kmeťkova ulica, Mostná ulica, Vikárska ulica a samotná rieka Nitra.